Mr. Speaker,
Grundsätzlich ernennt der Präsident alle Amtsträger.
Eine Ausnahme für Gewalt der Exekutive ist die Delegation an nachgeordnete Amtsträger, egal ob diese Delegation des Ernennungsrechts durch Gesetz oder durch EO des Präsidenten erfolgt. (vertikal) Aber da nur Arbeit, nicht aber Verantwortung delegiert werden kann, bleibt es seine Ernennung.
Eine weitere Ausnahme ist der Amtsantritt der Kongressmitglieder, die allesamt gewählt werden und einer anderen Gewalt angehören. (horizontal)
Um Ihre Frage zu beantworten: Ein Abweichen von der Ernennung durch den Präsidenten ist: keine Ernennung. Und diese ist nur bestimmt für die Kongressmitglieder, die vom Volk also direkt gewählt.
Ansonsten betrifft Art. IV Sec. 1 Ssec. 6 USC eine Formalität im Bereich der präsidialen Pflichten, nicht Rechte.
Ssec. 1 hat dahingehend deutlich mehr Gewicht: "Die exekutive Gewalt - und zwar alle exekutive Gewalt - soll einem Präsidenten der Vereinigten Staaten übertragen sein."
Es bleibt aber dabei: Nur, wer vom Volk gewählt wird, wird gar nicht ernannt. Alle anderen werden vom Präsidenten oder nachgeordneten Amtsträgern ernannt. Wenn der Kongress aber nun exekutive Amtsträger wählen will, dann will er das parlamentarische Regierungssystem. Der Schritt dahin, den Präsidenten - nicht nur bei Vakanz - durch den Kongress zu wählen, ist dann eine Kleinigkeit.